A Felsőoktatásról szóló 2011. évi CCIV. törvény az egyetemi képzés legfelső szintjeként határozza meg a doktori képzést és az egyetemen szerezhető legmagasabb végzettségként a doktori PhD „Doctor of Philosophy” (továbbiakban: doktori) fokozatot. Az Egyetemi Doktori Tanács (EDT) a doktori képzést szervező, felügyelő és rendszeresen értékelő testület.

A Széchenyi István Egyetemen négy doktori iskola működik: 

• Állam-és Jogtudományi Doktori Iskola
• Multidiszciplináris Műszaki Tudományi Doktori Iskola
• Regionális- és Gazdaságtudományi Doktori Iskola
• Wittmann Antal Növény-, Állat- és Élelmiszer-tudományi Multidiszciplináris Doktori Iskola

Az Egyetem a Magyar Felsőoktatási Akkreditációs Bizottság (MAB) döntése alapján a következő tudományágakban jogosult doktori képzésre, tudományos fokozatszerzési eljárás lefolytatására és a doktori fokozat megítélésére:

•  állam- és jogtudományok
•  gazdálkodás- és szervezéstudományok
•  regionális tudományok
•  építőmérnöki tudományok
•  informatikai tudományok
•  közlekedés- és járműtudományok
• állattenyésztési tudományok
• élelmiszertudományok
• növénytermesztési és kertészeti tudományok